液相色谱仪系统可能出现的故障是：
1.流动相脱气不充分；
2.流动相供给不畅；
3.流动相和贮液器被污染等。
一、流动相脱气不充分
流动相受热，或者流动相不同组分混合时会有气体产生，气泡进人泵内引起压力波动，增加噪音，色谱图上出现毛刺。可试用下列方法解决问题流动相再脱气采用更有效的脱气方法(如通氮气保护)或两种方法配合使用改系统内混合为系统外低压预混合。如果仍有毛刺，应考虑在检测器后面加阻尼器。
二、流动相供给不畅
流动相供给不畅可能的原因是流动相已接近用完了，管路中吸人气体引起泵压力不稳。应经常观察贮液器中流动相的量，加足流动相保证所有的样品分析完毕。输液管路上安装沉子沉至瓶底，贮液器盖上留一小孔正好夹住进液管，使其不能上下移动。过滤器阻塞会引起管道和泵腔空化，使压力不稳。当过滤器被微粒所阻塞或长霉时，去掉过滤器后系统会运转正常，换上新过滤器即可。有时候换上新过滤器仍然不畅，那就需要检查流动相的制备过程，或者换大孔径的过滤器。不管如何，流动相都要重新过滤。流速过高、阻力大，造成空化现象，这是由于过滤器孔径、管道内径、流速和溶剂黏度等引起的。
出现这种现象，试用下列方法解决：
1.试用低流速，若问题解决了则再进行下一步
2.换大孔径的过滤器
3.增加进液管路内径
4.抬高或加压贮液器
5.改低流速
6.不用入口过滤器（但流动相一定要先过滤）。
当贮液器盖子太紧，在贮液器内形成真空，打出的流动相不连续。应松开盖子或留有lmm的缝隙。进液管路阻塞或弯曲折叠会使泵抽不到液，注意调整进液路道或更新。其它问题，包括渗漏或接头松动、低压混合器过滤器阻塞、泵部件损坏（密封垫等），都能引起供液不正常。
三、贮液器或流动相被污染
由于贮液器或流动相被污染，会出现：产生的有规则的噪音增大、检测器基线上升。流动相中污染物可能被泵以稳定的浓度打入系统，而后再以稳定的浓度流出来，所以在色谱图中不出多余的峰。
用梯度洗脱时，弱流动相条件可使污染物聚在柱顶，流动相强度增加后污染物可能被洗脱出来一个大的鬼峰。有时液相色谱仪基线噪音突然增大或突然抬高，都是因为反复加进新流动相或系统用得太久(如通宵)造成的。新加进的流动相中有污染物或者流动相长霉，繁殖了细菌。不干净的贮液器会污染清洁的流动相。每种流动相备有专用的贮液器，或者定期报废贮液器，都是良好的工作习惯流动相污染源来自这几个方面试剂质量不高玻璃器皿不合格微生物的影响；配制流动相时操作不当等。因此要求用高纯度化学试剂和HPLC级溶剂。一旦发现试剂有问题应坚决报废掉。
玻璃器皿应按规定清洗干净。为防止生长微生物，每天要按前述的方法清洗系统。怀疑系统内生长了微生物时，可用稀硝酸冲洗(注意不要损坏柱和管路系统)。在缓冲液内加生长抑制剂（0.04%叠氮钠）或冷藏缓冲液，每天用0.2μm的过滤器过滤缓冲液，也会有效地防止微生物污染系统真空脱气时要防止泵油带入流动相。应该用清洁的惰性塞子、搅捧、过滤器和玻璃器皿配制流动相。已经污染的色谱仪流动相一定要废弃掉。
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