食品一直是我国关注的民生问题之一，在食品标准中，除了对农药、兽药、重金属、生物毒素四大类有害污染物的严格检测，对致病菌也同样在2016年出台了全新的食品检测标准——《GB 4789.1‐2016 食品国家标准食品微生物学检验 总则》。

其中检测要求包括有大肠菌群、沙门氏菌、志贺氏菌等等共二十余种致病菌。而这些菌类检测往往需要利用多种方式共同确定。

而荧光显微镜由于免疫荧光微菌落法的广泛运用，得以被大力推行。

只要采用标记有特异性荧光抗体，在含有相应性抗原的免疫液体增菌液中粘连性分裂增殖，经培养后，形成免疫荧光微菌落，在荧光显微镜下易被观察到。

拥有较好的特异性前提，且具有良好的灵敏度，操作也简便。由此可见，荧光显微镜逐渐成为食品领域内不可或缺的试验仪器。